Jistě, FÚ samo iniciovat kontroly SVJ na rozdíl od podnikatelů příliš nebude. Ale na podnět reagovat s největší pravděpodobností bude. Pokud kontrolou zjistí, že SVJ zásadním způsobem porušuje § 8/1 „(1) Účetní jednotky jsou povinny vést účetnictví správné, úplné, průkazné, srozumitelné, přehledné a způsobem zaručujícím trvalost účetních záznamů.“, vyvodí z toho vůči SVJ důsledky.

Každý vlastník má právo nahlédnout do všech dokumentů týkajících se hospodaření SVJ. Vždyť výsledky kontroly FÚ mohou prokázat porušení § 159 NOZ o péči řádného hospodáře členy statutárního orgánu. Pokud by SVJ odmítlo poskytnout uvedené dokumenty nebo popřelo kontrolu ze strany FÚ, je třeba obrátit se na soud.