Ano, takto by v tom skutečně byl chaos. Ale v praxi se to dělá jinak (toto byl zjednodušený příklad pro pochopení)
Pronájem zpravidla uzavíráte na nějakou dobu, která většinou přesahuje dobu jednoho roku. Při tvorbě rozpočtu a záloh na další období s tím tedy již můžete počítat.
Takže pokud například stanovíte (na základě plánu oprav), že příspěvek na dlouhodobé zálohy bude 12000/rok (tj. 1000 Kč za měsíc) a výnos z pronájmu je 3600 Kč/rok (tj. 300 Kč za měsíc), můžete vystavit předpis záloh, na základě kterého bude vlastník hradit měsíčně pouze 700 Kč s tím, že těch 300 Kč se započte.
Měnit to po měsíci je samozřejmě nesmysl.

Samozřejmě jiná věc je (a to by bylo asi na další diskusi) zda je v pořádku, když SVJ tento "zápočet" udělá jednostranně na základě rozhodnutí na shromáždění (kde není souhlas všech vlastníků) aniž by s tím někteří vlastníci souhlasili.. Ale i to je podle mých zkušeností častá praxe.