Myslím, že by šel používat Google disk. Buď přímo s využitím klíčových slov (kam byste zadával třeba i tu spisovou značku), nebo s skriptíkem umožňujícím zadávat k souborům metadata (tedy klíčová slova, spisové značky atd.). Kromě toho umí Google disk vyhledávat i fulltextově v PDF (i naskenovaném), takže by to mohlo přesně splňovat co potřebujete.

Pokud byste měl zájem, můžeme to otestovat :-)