Váš problém jsou 2 samostatné a odlišné problematiky – stavební a právní. Stavební problemtiku budete řešit se Stavebním úřadem, který zajímá stavebně- technická stránka věci. Právní stránka je něco jiného. Jak máte byty zapsané v katastru – jako 1 nebo jako 2 byty ? Zřejmě jako 2 byty. Takže uzavřete Smlouvu o výstavbě (vy 2 se všemi vlastníky všech jednotek v domě), která bude obsahovat i změnu výše podílů u uvedených jednotek a smlouvu vložíte do katastru. Anebo provedete stavební změnu bez změny zápisu v katastru a stav zápisu v katastru pak nebude v souladu se skutečností.