Pročetl jsem vlákno a asi jste moc nedostal odpověď, tak se pokusím vrátit k položené otázce.

Pokud by to nájemné bylo vloženo do FO, na samotném zdanění se nic nezmění - i tak to bude příjem všech vlastníků, který podléhá zdanění. Jiná věc samozřejmě je, že pokud se ten nájem objeví na účtu SVJ (tedy nikoliv na účtu vlastníků), finanční úřad na to asi nepřijde, ale to nemáte ode mě :)
Zkrátka u zdanění nejde pouze o tok peněz ale (především) o ekonomickou podstatu.

Ale další věcí je, že podle zákona o daních z příjmů, pokud fyzická osoba má jiné příjmy než ze zaměstnání max. do 6000 Kč, nemusí podávat přiznání, nemusí tedy tento příjem danit. Z toho plyne, že pokud by některý z vlastníků nemusel podat přiznání (měl např. pouze zaměstnání nebo důchod) a podíl který na něj z tohoto nájmu připadne bude pár korun (jak píšete), tak ho ničím zatěžovat nebudete, daňové přiznání nebude muset podat.

Dotkne se to pouze těch, kteří už přiznání podávají i bez toho, tj. mají příjem např. jako OSVČ nebo z jiného nájmu. Těm se pak základ daně o těch pár korun zvýší.